هم اکنون در ایران در مقاطع مختلف آموزش عالی گرایشهای رشته مهندسی پزشکی به شرح زیر می باشد:
مهندسی پزشکی گرایش بالینی
مهندسی پزشکی گرایش بیوالکتریک
مهندسی پزشکی گرایش بیومکانیک
مهندسی پزشکی گرایش بیومواد(بیومتریال)
مهندسی پزشکی گرایش مهندسی بافت
مهندسی پزشکی گرایش پردازش تصاویر پزشکی
مهندسی پزشکی گرایش مهندسی توانبخشی
مهندسی پزشکی گرایش مهندسی ورزش
مهندسی پزشکی گرایش مدل سازی سیستمهای فیزیولوژیکی
مهندسی پزشکی گرایش ابزار دقیق در مهندسی پزشکی
مهندسی پزشکی گرایش مدیریت فناوری اطلاعات پزشکی